22 листопада 1963 року Радою Міністрів УРСР було прийнято постанову № 1300 «Про створення при Київському державному історичному музеї спеціального відділу – «Золотої кладової».

У 1965 р. історичний музей отримав назву Державний історичний музей УРСР, а його філіал – статус музею «Золота кладова».

Для розташування майбутнього музею було обрано пам’ятку архітектури доби бароко на території Києво-Печерського історико-культурного заповідника – Ковнірівський корпус. Його в 1720–1740-х роках звів український будівничий Степан Ковнір, більшу частину будівлі займала монастирська пекарня. 

У 1920–1940-х роках Ковнірівський корпус був частиною «Всеукраїнського музейного городка» – об’єднання музеїв, що діяло у приміщеннях націоналізованої Києво-Печерської лаври. Під час Другої світової війни будівля Ковнірівського корпусу сильно постраждала і потребувала повного відновлення.

За постановою Ради міністрів УРСР від 1963 року про заснування «Золотої кладової» було вирішено сформувати колекцію на основі коштовних виробів, наданих новому закладу усіма музеями України. 

В основу було покладено зібрання Київського державного історичного музею, започатковане ще наприкінці 19 століття.

Археологічну складову нового музейного зібрання доповнили надходження з Інституту археології АН УРСР. До музейного фонду передали тисячі коштовних витворів від передскіфських часів до пізнього середньовіччя.

Чимало раритетних витворів давніх майстрів надійшло з інших українських музеїв, зокрема з Бахчисарайського, Івано-Франківського, Керченського, Львівського, Одеського, Полтавського, Харківського Херсонського та Чернігівського. Загалом 21 музейний заклад долучився до створення колекції нового музею.

У 1968 році згідно з наказом Міністерства культури УРСР № 70 музей перейменовано у Музей історичних коштовностей УРСР. 

4 січня 1969 року новостворений музей відчинив двері для перших відвідувачів.

Із відновленням незалежності 1991 року заклад отримав назву Музей історичних коштовностей України – філія Національного музею історії України. 

У 1990-ті – 2000-ні роки коштовне зібрання музею стало візитівкою України у світі. 

Музей відвідували президентські, парламентські, урядові делегації з багатьох країн. Його експонати презентували Україну понад 70 разів на виставках від Північної Америки до Далекого Сходу: у Австрії, Данії, Великобританії, Італії, Канаді, Литві, Люксембурзі, Нідерландах, Німеччині, Південній Кореї, Польщі, Сінгапурі, США, Угорщині, Франції, Фінляндії, Швейцарії, Японії.

2004 року в установі за підтримки фонду Президента України відбувся генеральний ремонт і значно оновилася експозиція.

Музейне зібрання коштовних виробів скіфського часу є, мабуть, найбільшим у світі.

Ці предмети знайдено під час археологічних досліджень скіфських курганів в різних регіонах України. У 19 – на початку 20 століття розкопки проводили Микола Іванишев, Вікентій Хвойка, Сергій Мазаракі, у 1950–1980-ті роки – експедиції українського Інституту археології, очолювані Василем Бідзілею, Юрієм Болтриком, Галиною Ковпаненко, Борисом Мозолевським, Віталієм Отрощенком, Олексієм Тереножкіним, Миколою Чередниченком та іншими, у 1980-ті – експедиції Дніпропетровського та Донецького університетів.

Найбільш відомими скіфськими експонатами зібрання є пектораль з Товстої Могили, чаша з Гайманової Могили, оббивка горита з Мелітопольського кургану, загадковий ритуальний предмет з Передерієвої Могили. А ще тисячі прикрас, оздоблення зброї та кінської вузди.

Головною частиною музейної експозиції є колекція «скіфського золота»: коштовні предмети зброї, кінської вузди, посуд, декоративні елементи вбрання, прикраси 7–4 століть до н. е. 

Перлина експозиції – нагрудна прикраса скіфського володаря – золота пектораль із кургану Товста Могила на Дніпропетровщині. 

Історично пов’язані зі скіфами й колекції предметів з античних міст Північного Причорномор’я (Херсонеса, Пантікапея, Ольвії) та сарматських курганів. 

Важливою у зібранні є невелика, проте унікальна колекція ювелірних виробів кочових народів, що в давнину проживали в українському степу – гунів, аварів, хозар, печенігів, половців. Представлено й готські старожитності Криму.

Особливою є колекція прикрас часів давніх слов’ян (предмети з Мартинівського, Харівського та Пастирського скарбів) та середньовічної Русі (насамперед, із Сахнівського скарбу).

У найбільшому, шостому, залі музею представлено колекцію коштовних творів українських сріблярів 16–19 століть: Івана Равича, Ієремії Білецького, Матвія Наруновича, Федора Левицького та інших. Тут можна побачити чимало предметів, пов’язаних із видатними історичними особистостями – митрополитом Петром Могилою, гетьманами Іваном Самойловичем, Іваном Мазепою і Данилом Апостолом, полковниками Василем Золотаренком, Родіоном Думитрашком і Степаном Томарою, родинами Розумовських, Кочубеїв, Ханенків, Браницьких та інших. 

Осібне місце займає колекція коштовних виробів майстрів Німеччини, Польщі, Франції й інших європейських країн.

У 1990-х в експозиції музею з’явилися нові розділи: юдейське церемоніальне срібло та традиційні вироби кримськотатарських майстрів.

У останньому девʼятому залі час від часу проводяться виставки сучасного ювелірного мистецтва.

1 вересня 2021 року відбулася структурна перебудова установи, яка отримала назву: Скарбниця Національного музею історії України – філія Національного музею історії України.

За 60 років свого існування музей сформував колекцію із 57 тисяч одиниць зберігання, частина яких є унікальною. Було здійснено реставрацію, що дала можливість зберегти для майбутніх поколінь безцінні скарби. Музей став центром наукового дослідження історії ювелірного мистецтва.

Війна змінила ритм життя музею. 2022 року, у перші дні повномасштабного вторгнення Росії в Україну, співробітники Скарбниці забезпечили збереження та евакуацію коштовної колекції.

Після визволення Київщини постійну експозицію замінили тимчасові виставки, що розповідають про унікальні археологічні артефакти, збережені Україною, про кримськотатарську культуру та Україну часів гетьмана Мазепи.